kapłan archidiecezji częstochowskiej (1930-2018). Absolwent Wydziału Teologicznego UJ w Krakowie (1954). Studia specjalistyczne z zakresu teologii moralnej w KUL (licencjat 1959, doktorat 1967). Praca duszpasterska w par. Mierzyce (1954-56) i Konopiska (1956-57).
Wykładowca teologii moralnej i ascetycznej w Krakowie: w Wyższym Częstochowskim Seminarium Duchownym, Śląskim Seminarium Duchownym, Instytucie Teologicznym OO. Dominikanów, Seminarium Ojców Paulinów oraz Księży Sercanów w Stadnikach. Pobyt naukowy na Uniwersytecie we Fryburgu Szwajcarskim (1968-71).
Po powrocie, zastępca profesora na Papieskim Wydziale Teologicznym w Krakowie i we Wrocławiu (od 1971). Ojciec duchowny (1962-63), wicerektor, prefekt studiów (1974-78) i rektor Wyższego Częstochowskiego Seminarium Duchownego (1978). Habilitacja w Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (1984), docent od 1985, od 1991 profesor nadzwyczajny, a od 1997 zwyczajny tej Uczelni. Dyrektor Archidiecezjalnego Wydawnictwa "Regina Poloniae" w Częstochowie, Krajowy Duszpasterz nauczycieli i wychowawców. sekretarz Polskiego Towarzystwa Teologicznego (1965-77), zastępca redaktora naczelnego Ruchu Biblijnego i Liturgicznego (od 1967), cenzor pism i programów katolickich w Archidiecezji Częstochowskiej, członek Archidiecezjalnej Rady Kapłańskiej i Kolegium Konsultorów. Kapelan Honorowy Ojca św. (1976). Kanonik gremialny (teolog) Kapituły Bazyliki Archikatedry w Częstochowie (1995), kanonik honorowy Metropolitalnej Kapituły Wrocławskiej (1996).
Ks. prof. J. Kowalski jest autorem licznych publikacji teologicznych . Problemy, jakim poświęcił najwięcej uwagi dotyczą współczesnych kwestii etycznych, jak: problematyka wojny i zbrojeń, inżynieria genetyczna, kara śmierci, eutanazja, moralne aspekty kultury i mediów, choroby AIDS, zagrożenia ze strony sekt i gnozy.
Wśród zainteresowań badawczych ks. J. Kowalskiego – następcy na katedrze teologii moralnej PWT w Krakowie kard. Karola Wojtyły – wysuwa się także problematyka współczesnych wyzwań, wobec jakich stoi teologia moralna. Zajmował się problematyką etyki społecznej (demokracja i polityka, sprawiedliwy podział dóbr, kryzys tożsamości kapłanów, wezwanie do wspólnotowego życia kleru). Nie brak też artykułów o moralnych aspektach zjednoczenia Europy.
Ks. Profesor od początku swojej drogi naukowej przejawia żywe zainteresowanie europejską myślą moralną, mając do niej również krytyczny stosunek. Ks. Jan Kowalski uczestniczy aktywnie w międzynarodowych kongresach etyków i teologów obszaru języka francuskiego i niemieckiego. Można zatem nazwać go "teologiem europejczykiem".
Sympozjum rok 2008, nr 1(17) Rok XII
Świat współczesny potrzebuje pokuty i nawróceniaSympozjum rok 2008, nr 1(17) Rok XII
Samopojednanie u Ojców Kościoła WschodniegoSympozjum rok 2003, nr 2(11) Rok VII
Miłosierdzie jako zasada sprawiedliwościSympozjum rok 2002, nr 1(9) Rok VI
Światowy dramat konfliktu między kulturą życia a kulturą śmierciSympozjum rok 1999, nr 2(5) Rok III
Perspektywy dla zjednoczonej EuropySympozjum rok 1998, nr 2(3) Rok II
Moralność w postmodernizmie i wyzwania kierowane pod adresem Kościoła i moralnej chrześcijańskiej